Die Ärztliche Direktion des Kepler Universitätsklinikums wird vom Ärztlichen Direktor Priv.-Doz. Dr. Karl-Heinz Stadlbauer geleitet.

Der Ärztliche Direktor ist gemäß § 14 Oö. Krankenanstaltengesetz dafür verantwortlich, dass medizinische Aufgaben den einschlägigen Rechtsvorschriften und der Anstaltsordnung entsprechend durchgeführt werden. Er ist anordnungsbefugt gegenüber Ärztinnen und Ärzten, dass Patientinnen und Patienten entsprechend der medizinischen Wissenschaft behandelt und die Erfordernisse der Qualitätssicherung sowie der Hygiene eingehalten werden. Zu seinen Hauptaufgaben gehört die kontinuierliche Verbesserung der Behandlungsprozesse, um den dynamischen Bedürfnissen der Patientinnen und Patienten gerecht zu werden. Auch das Ausbildungsmanagement der ihm unterstellten Berufsgruppen sowie die Unterstützung der Medizinischen Fakultät der Johannes Kepler Universität beim Aufbau der universitären Lehre und Forschung zählen zu seinem Aufgabengebiet. 

Der Ärztliche Direktor Priv.-Doz. Dr. Karl-Heinz Stadlbauer ist innerdienstlicher und fachlicher Vorgesetzter gegenüber Ärztinnen und Ärzten, dem Anstaltsapotheker in medizinischen Belangen sowie dem medizinisch-technischen Personal.

Der Ärztlichen Direktion direkt zugeordnet sind die Stabsstellen Medizinische Prozessunterstützung und Strategische Personalentwicklung.